Projektowanie leków na Gram-ujemne, od generowania molekuł do walidacji systemowej.

Budujemy zamkniętą pętlę od projektowania de novo do weryfikacji komórkowej i systemowej. Każdy etap raportuje artefakty, ograniczenia i metryki pokrycia — wyniki wracają do modeli.

6stages 3modułów EXP3pilot15 · top_n=10 truepass 0.575→0.625
proto-noos.live · scene cycle 

            

            

            

              
1 / 6

              
REINVENT4

              
Generowanie de novo

              
12,797 SMILES → 12,581 valid

            

          

        

      


      

        
12,797Molekuł wygenerowanych

        
12,581Valid po Stage 2a

        
0.625EXP2 surrogate pass-rate

      


      

        

          
Shared Research

          
Shared Research

          
Shared science, product and engineering work from the team.

        

        

          
            

              
              paper
            

            
PROTO-NOOS: Rational Compute Allocation in Antibiotic Discovery via Mutual Information and Uncertainty Quantification

            
PUT Drug Discovery →

          
          
            

              
              paper
            

            
PROTO-NOOS: Orchestrating Open-Access Bioinformatics for Seamless Drug Discovery

            
PUT Drug Discovery →

          
          
            

              
              poster
            

            
Molecular Dynamics IN PROTO-NOOS: Comparative Analysis of EcDHFR-NADPH-Ligand Complex Dynamics for Selected Trimethoprim Analogues

            
PUT Drug Discovery →

          
        

      

    

  


  
  

    

      

        § 01
        Kontekst
        
      

      

        
        

          
Wąskie gardła pojawiają się między in-silico a realnym efektem biologicznym.

          
Celowanie w bakterie Gram-ujemne jest trudne nie dlatego, że brakuje kandydatów strukturalnych — jest ich w nadmiarze. Problem polega na tym, że ocena in-silico nie łapie efektów retencji i systemowych konsekwencji metabolicznych.

          
    
            
  • Samo powinowactwo nie wystarczy, jeśli cząsteczka nie utrzyma się w komórce.
    • 
            
  • Selekcja bez kontekstu metabolicznego pomija systemowe skutki uboczne.
    • 
            
  • Potrzebny jest pipeline, który raportuje artefakty i ograniczenia na każdym etapie.
    • 
          

          
Uwaga: metryki poniżej opisują aktualny stan prac inżynieryjnych, nie końcowe twierdzenia biologiczne.

        

      

    

  


  
  

    

      

        § 02
        PROTO-NOOS
        
      

      
Sześć etapów od SMILES do systemowej biologii.

      
Zintegrowany workflow CADD do projektowania celowanego w E. coli: od generowania molekuł (REINVENT4), przez retencję (CellTE) i strukturę (Boltz2), po dynamikę (GROMACS) i walidację systemową (COBRApy/iML1515).


      

        

          
01REINVENT4de novo

          
→

          
02CellTEretencja

          
→

          
03Boltz2struktura

          
→

          
04KD_predaffinity

          
→

          
05GROMACSMD

          
→

          
06iML1515FBA/FVA

        

        
↺ ouroboros · Stage 6 → Stage 1 feedback

      


      
    

  









  

    

      

        § 02
        PROTO-NOOS
        2026-02-10
      


      
Gram-Negative & Universal Bacteria — zamknięta pętla.

      
Klikaj karty etapów żeby rozwinąć szczegóły. Każdy etap ma zdefiniowane kontrakty Pydantic, deterministyczne artefakty i status inżynieryjny (live / stabilizing / hardening).


      

        

          pipeline.topology · scene cycle
          
        

        

          

          

          

          

            
1 / 6

            
REINVENT4

            
Generowanie de novo

            
12,797 SMILES → 12,581 valid

          

        

      


      
Etapy pipeline'u — kliknij żeby rozwinąć


      

        
      


      

        Pętla Ouroboros. Wyniki Stage 6 (blindspot, KD_pred, systemowe FBA/FVA) wracają jako sygnał do generowania Stage 1 i scoringu Stage 2. Działa dzisiaj jako inżynieryjna pętla eksperymentalna — nie traktujemy tego jako w pełni autonomiczny system produkcyjny.
      

    

  








  

    

      

        § 03
        Status
      


      
Repozytoria i aktualne zadania.

      
Ten widok jest po to, żeby przyspieszyć onboarding: co działa, co jest w toku i gdzie można wejść z pracą.


      
Główne moduły pipeline'u

      

        

          
module / 01

          
REINVENT4 + analiza + retencja

          
Generowanie, filtrowanie i scoring wejścia dla Stage 3 z obsługą dużych bibliotek.

          
pythonpydanticstage 1-2

          
walidacje + log-driven hardening (2026-02-09)

        

        

          
module / 02

          
CellTE + Boltz2 + GROMACS

          
Etap kinetyczny i strukturalny z kontraktami CSV oraz etapami pre/post Boltz2.

          
mdstructurestage 3-5

          
top 200 → Boltz2, top 50 → GROMACS

        

        

          
module / 03

          
Biologia systemowa Stage 6A/6B

          
FBA/FVA, quality gates, preflight targetów i raporty blindspot.

          
cobrapyiML1515stage 6

          
EXP1: pilot 20 + full 100

        

      


      
Otwarte zadania na teraz

      

    

  







  

    

      

        § 04
        Dołącz
        
      


      
Dołącz do zespołu PROTO-NOOS.

      
Szukamy osób, które chcą budować rzetelny pipeline badawczy i regularnie domykać zadania inżynieryjne. Autonomia, systematyczne debugowanie, jasna komunikacja postępu.


      
Obszary pracy · kliknij żeby rozwinąć

      

        

          

            R/01
            Infrastruktura i automatyzacja
            open
          

          

            
stackSlurm · Python · Pydantic

            
focushandoff, walidacje etapów, niezawodność runów

            
Slurm, handoff, walidacje etapów i niezawodność runów. Dbamy o deterministyczny zapis artefaktów i czyste kontrakty między stage'ami.

          

        

        

          

            R/02
            Modelowanie molekularne
            open
          

          

            
stackREINVENT4 · Boltz2 · GROMACS

            
focusgeneracja, struktura, dynamika molekularna

            
REINVENT4, Boltz2, GROMACS, interpretacja wyników strukturalnych i ocena powinowactwa kandydatów.

          

        

        

          

            R/03
            Biologia systemowa
            open
          

          

            
stackCOBRApy · iML1515 · FBA/FVA

            
focusquality gates, analiza ryzyka metabolicznego

            
Stage 6A/6B, quality gates, analiza ryzyka metabolicznego i raportowanie blindspotów.

          

        

      


      
Czego oczekujemy

      

        
    
          
  • Autonomia i dowożenie zadań — od diagnozy do artefaktu.
    • 
          
  • Komfort z niepewnością — systematyczne debugowanie.
    • 
          
  • Jasna komunikacja postępu — w rytmie tygodniowym.
    • 
        

      


      
Jak aplikować

      

        
    
          
  1. Napisz na contact email, w którym obszarze chcesz wejść i jaki problem chcesz przejąć.
    2. 
          
  2. Po krótkiej rozmowie dostajesz zadanie startowe i plan wdrożenia.
    3. 
        

        
Liczy się rzetelność wykonania i iteracyjna poprawa jakości, nie formalny papier.

      

    

  







  

    

      

        § 05
        Wsparcie
        
      


      
Wsparcie i partnerstwo.

      
Jeśli chcesz przyspieszyć ten pipeline — poniżej są konkretne potrzeby operacyjne. Prowadzimy otwarty rejestr bottlenecków; każda pozycja ma oszacowany wpływ.


      
Konkretne potrzeby

      

        

          
ask / 01 · compute

          
Credits + HPC dla Stage 1-6

          
Powtarzalne runy pełnego chain'u: 20 pilot + 100 full. Dominujący koszt to GROMACS MD i Boltz2.

          
impact · HIGH

        

        

          
ask / 02 · wet-lab

          
Walidacja eksperymentalna

          
Dostęp do wet-lab dla wybranych kandydatów po filtrach Stage 6 — zamyka pętlę ouroboros.

          
impact · HIGH

        

        

          
ask / 03 · mentoring

          
Mentoring ekspercki

          
MD, FBA/COBRA i projektowanie eksperymentów — konsultacje nad progami quality gates.

          
impact · MEDIUM

        

      


      

        Skontaktuj się→
        
      


      
Twoje dane pozostają prywatne. Nie wysyłamy spamu. Odpowiadamy w ciągu 3-4 dni roboczych.

    

  













  

    
    

  







  
Tweaks ✕